MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Thermotoga sp. RQ2 chromosome

Total Repeats: 41425

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010483	T	6	6	1	6	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_010483	TAAT	2	8	23	30	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_010483	CTC	2	6	38	43	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
4	NC_010483	TCC	2	6	53	58	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
5	NC_010483	AG	3	6	67	72	50 %	0 %	50 %	0 %	170287808
6	NC_010483	GTC	2	6	164	169	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	170287808
7	NC_010483	TCGG	2	8	173	180	0 %	25 %	50 %	25 %	170287808
8	NC_010483	GAA	2	6	208	213	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	170287808
9	NC_010483	TAT	2	6	215	220	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	170287808
10	NC_010483	CTC	2	6	301	306	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	170287808
11	NC_010483	GAA	2	6	325	330	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	170287808
12	NC_010483	TCG	2	6	381	386	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	170287808
13	NC_010483	TTCG	2	8	400	407	0 %	50 %	25 %	25 %	170287808
14	NC_010483	CGG	2	6	469	474	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	170287808
15	NC_010483	TCT	2	6	496	501	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	170287808
16	NC_010483	CGT	2	6	520	525	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	170287808
17	NC_010483	GAAC	2	8	529	536	50 %	0 %	25 %	25 %	170287808
18	NC_010483	TTG	2	6	585	590	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	170287808
19	NC_010483	AAG	2	6	600	605	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	170287808
20	NC_010483	A	6	6	637	642	100 %	0 %	0 %	0 %	170287808
21	NC_010483	TTC	2	6	651	656	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	170287808
22	NC_010483	CA	3	6	713	718	50 %	0 %	0 %	50 %	170287808
23	NC_010483	C	6	6	845	850	0 %	0 %	0 %	100 %	170287808
24	NC_010483	GAA	2	6	854	859	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	170287808
25	NC_010483	AAGA	2	8	877	884	75 %	0 %	25 %	0 %	170287808
26	NC_010483	GAC	2	6	947	952	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	170287808
27	NC_010483	CAT	2	6	976	981	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	170287808
28	NC_010483	GAAG	2	8	1027	1034	50 %	0 %	50 %	0 %	170287808
29	NC_010483	TCG	2	6	1110	1115	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	170287808
30	NC_010483	CGT	2	6	1267	1272	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	170287808
31	NC_010483	A	6	6	1286	1291	100 %	0 %	0 %	0 %	170287808
32	NC_010483	CTC	2	6	1304	1309	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	170287808
33	NC_010483	AACA	2	8	1316	1323	75 %	0 %	0 %	25 %	170287808
34	NC_010483	CTC	2	6	1385	1390	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	170287809
35	NC_010483	AGA	2	6	1539	1544	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	170287809
36	NC_010483	CTT	2	6	1565	1570	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	170287809
37	NC_010483	ACG	2	6	1572	1577	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	170287809
38	NC_010483	TTCC	2	8	1606	1613	0 %	50 %	0 %	50 %	170287809
39	NC_010483	AC	3	6	1651	1656	50 %	0 %	0 %	50 %	170287809
40	NC_010483	T	6	6	1704	1709	0 %	100 %	0 %	0 %	170287809
41	NC_010483	T	6	6	1737	1742	0 %	100 %	0 %	0 %	170287809
42	NC_010483	CTTT	2	8	1757	1764	0 %	75 %	0 %	25 %	170287809
43	NC_010483	CCAT	2	8	1893	1900	25 %	25 %	0 %	50 %	170287809
44	NC_010483	AG	3	6	1913	1918	50 %	0 %	50 %	0 %	170287809
45	NC_010483	TTC	2	6	1945	1950	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	170287809
46	NC_010483	CATGGA	2	12	1974	1985	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	170287809
47	NC_010483	TGT	2	6	2011	2016	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	170287809
48	NC_010483	AAC	2	6	2022	2027	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	170287809
49	NC_010483	TCT	2	6	2159	2164	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	170287809
50	NC_010483	ACC	2	6	2298	2303	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	170287809
51	NC_010483	T	6	6	2335	2340	0 %	100 %	0 %	0 %	170287810
52	NC_010483	CTT	2	6	2341	2346	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	170287810
53	NC_010483	ATG	2	6	2438	2443	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	170287810
54	NC_010483	GATC	2	8	2478	2485	25 %	25 %	25 %	25 %	170287810
55	NC_010483	GAA	2	6	2514	2519	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	170287810
56	NC_010483	T	6	6	2542	2547	0 %	100 %	0 %	0 %	170287810
57	NC_010483	GATC	2	8	2583	2590	25 %	25 %	25 %	25 %	170287810
58	NC_010483	AG	3	6	2638	2643	50 %	0 %	50 %	0 %	170287810
59	NC_010483	TCC	2	6	2737	2742	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	170287810
60	NC_010483	ACA	2	6	2753	2758	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	170287810
61	NC_010483	TTTC	2	8	2763	2770	0 %	75 %	0 %	25 %	170287810
62	NC_010483	TC	3	6	2776	2781	0 %	50 %	0 %	50 %	170287810
63	NC_010483	AGA	2	6	2873	2878	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	170287810
64	NC_010483	CTGA	2	8	2911	2918	25 %	25 %	25 %	25 %	170287810
65	NC_010483	GAA	2	6	3029	3034	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	170287810
66	NC_010483	ACG	2	6	3035	3040	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	170287810
67	NC_010483	CTT	2	6	3127	3132	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	170287810
68	NC_010483	CGT	2	6	3176	3181	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	170287811
69	NC_010483	GAA	2	6	3201	3206	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	170287811
70	NC_010483	CTC	2	6	3216	3221	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	170287811
71	NC_010483	GTA	3	9	3255	3263	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	170287811
72	NC_010483	TCT	2	6	3310	3315	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	170287811
73	NC_010483	CT	3	6	3412	3417	0 %	50 %	0 %	50 %	170287811
74	NC_010483	AAC	2	6	3444	3449	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	170287811
75	NC_010483	AGA	2	6	3702	3707	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	170287811
76	NC_010483	GGGA	2	8	3728	3735	25 %	0 %	75 %	0 %	170287811
77	NC_010483	TTG	2	6	3755	3760	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	170287811
78	NC_010483	AAG	2	6	3765	3770	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	170287811
79	NC_010483	AAG	2	6	3870	3875	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	170287811
80	NC_010483	CT	3	6	3896	3901	0 %	50 %	0 %	50 %	170287811
81	NC_010483	CGAT	2	8	3971	3978	25 %	25 %	25 %	25 %	170287811
82	NC_010483	CTT	2	6	4031	4036	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	170287811
83	NC_010483	TTTC	2	8	4040	4047	0 %	75 %	0 %	25 %	170287811
84	NC_010483	AG	3	6	4205	4210	50 %	0 %	50 %	0 %	170287811
85	NC_010483	TGA	2	6	4247	4252	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	170287811
86	NC_010483	T	6	6	4265	4270	0 %	100 %	0 %	0 %	170287811
87	NC_010483	CCT	2	6	4292	4297	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	170287812
88	NC_010483	TCC	2	6	4469	4474	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	170287812
89	NC_010483	CCA	2	6	4518	4523	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	170287812
90	NC_010483	TGG	3	9	4534	4542	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	170287812
91	NC_010483	CTC	2	6	4583	4588	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	170287812
92	NC_010483	T	7	7	4624	4630	0 %	100 %	0 %	0 %	170287812
93	NC_010483	TC	3	6	4682	4687	0 %	50 %	0 %	50 %	170287812
94	NC_010483	GGCATC	2	12	4718	4729	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	170287812
95	NC_010483	GAA	2	6	4871	4876	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	170287812
96	NC_010483	AG	3	6	5000	5005	50 %	0 %	50 %	0 %	170287812
97	NC_010483	TAT	2	6	5039	5044	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	170287812
98	NC_010483	GAAC	2	8	5100	5107	50 %	0 %	25 %	25 %	170287812
99	NC_010483	ATCGA	2	10	5136	5145	40 %	20 %	20 %	20 %	170287812
100	NC_010483	AAC	2	6	5321	5326	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	170287812
101	NC_010483	TAT	2	6	5354	5359	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	170287812
102	NC_010483	ACC	2	6	5415	5420	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	170287812
103	NC_010483	TCC	2	6	5468	5473	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	170287812
104	NC_010483	T	7	7	5515	5521	0 %	100 %	0 %	0 %	170287812
105	NC_010483	AAGA	2	8	5528	5535	75 %	0 %	25 %	0 %	170287812
106	NC_010483	GAG	2	6	5561	5566	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	170287812
107	NC_010483	TCC	2	6	5591	5596	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	170287812
108	NC_010483	GTT	2	6	5597	5602	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	170287812
109	NC_010483	TCC	2	6	5603	5608	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	170287812
110	NC_010483	TCC	3	9	5652	5660	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	170287812
111	NC_010483	AAC	2	6	5669	5674	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	170287812
112	NC_010483	TCA	2	6	5779	5784	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	170287812
113	NC_010483	T	6	6	5830	5835	0 %	100 %	0 %	0 %	170287813
114	NC_010483	CTTC	2	8	5864	5871	0 %	50 %	0 %	50 %	170287813
115	NC_010483	AGC	2	6	5878	5883	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	170287813
116	NC_010483	ATG	2	6	5903	5908	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	170287813
117	NC_010483	CTT	2	6	6010	6015	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	170287813
118	NC_010483	GAA	2	6	6071	6076	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	170287813
119	NC_010483	ATC	2	6	6139	6144	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	170287813
120	NC_010483	TAA	2	6	6167	6172	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	170287813
121	NC_010483	A	6	6	6233	6238	100 %	0 %	0 %	0 %	170287813
122	NC_010483	CTC	2	6	6239	6244	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	170287813
123	NC_010483	TCT	2	6	6278	6283	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	170287814
124	NC_010483	TTC	2	6	6354	6359	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	170287814
125	NC_010483	GCC	2	6	6417	6422	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	170287814
126	NC_010483	TCT	2	6	6460	6465	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	170287814
127	NC_010483	GTA	2	6	6488	6493	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	170287814
128	NC_010483	GTT	2	6	6532	6537	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	170287814
129	NC_010483	AGG	2	6	6602	6607	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	170287814
130	NC_010483	T	6	6	6619	6624	0 %	100 %	0 %	0 %	170287814
131	NC_010483	GGC	2	6	6706	6711	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	170287814
132	NC_010483	GGT	2	6	6912	6917	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	170287814
133	NC_010483	TCTTTC	2	12	6985	6996	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	170287814
134	NC_010483	TCC	2	6	7035	7040	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	170287814
135	NC_010483	TC	3	6	7080	7085	0 %	50 %	0 %	50 %	170287814
136	NC_010483	TCG	2	6	7159	7164	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	170287814
137	NC_010483	ATC	2	6	7179	7184	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	170287814
138	NC_010483	GA	3	6	7185	7190	50 %	0 %	50 %	0 %	170287814
139	NC_010483	GAA	2	6	7204	7209	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	170287814
140	NC_010483	TAC	2	6	7221	7226	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	170287814
141	NC_010483	AAG	2	6	7242	7247	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	170287814
142	NC_010483	CTA	2	6	7250	7255	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	170287814
143	NC_010483	TCC	2	6	7257	7262	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	170287814
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145	NC_010483	GAA	2	6	7367	7372	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	170287815
146	NC_010483	TTC	2	6	7507	7512	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	170287815
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148	NC_010483	ATCA	2	8	7555	7562	50 %	25 %	0 %	25 %	170287815
149	NC_010483	G	6	6	7641	7646	0 %	0 %	100 %	0 %	170287815
150	NC_010483	CTT	2	6	7668	7673	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	170287815
151	NC_010483	CAT	2	6	7720	7725	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	170287815
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153	NC_010483	GA	3	6	7827	7832	50 %	0 %	50 %	0 %	170287816
154	NC_010483	GCA	2	6	7838	7843	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	170287816
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156	NC_010483	GA	3	6	7864	7869	50 %	0 %	50 %	0 %	170287816
157	NC_010483	TCT	2	6	7940	7945	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	170287816
158	NC_010483	TCT	2	6	8003	8008	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	170287816
159	NC_010483	CTT	2	6	8043	8048	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	170287816
160	NC_010483	TCT	2	6	8150	8155	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	170287816
161	NC_010483	CT	3	6	8168	8173	0 %	50 %	0 %	50 %	170287816
162	NC_010483	GCT	2	6	8237	8242	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	170287816
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164	NC_010483	TC	3	6	8339	8344	0 %	50 %	0 %	50 %	170287816
165	NC_010483	CTG	2	6	8364	8369	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	170287816
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169	NC_010483	CTT	2	6	8505	8510	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	170287816
170	NC_010483	TGT	2	6	8547	8552	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	170287816
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172	NC_010483	CTT	2	6	8577	8582	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	170287816
173	NC_010483	CT	3	6	8609	8614	0 %	50 %	0 %	50 %	170287816
174	NC_010483	GA	3	6	8618	8623	50 %	0 %	50 %	0 %	170287816
175	NC_010483	TCT	2	6	8633	8638	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	170287816
176	NC_010483	ATG	2	6	8669	8674	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	170287816
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180	NC_010483	CTG	2	6	8806	8811	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	170287816
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221	NC_010483	TGG	2	6	10591	10596	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	170287817
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231	NC_010483	AGG	2	6	11036	11041	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
232	NC_010483	T	6	6	11080	11085	0 %	100 %	0 %	0 %	170287818
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235	NC_010483	A	7	7	11173	11179	100 %	0 %	0 %	0 %	170287818
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249	NC_010483	AT	3	6	11793	11798	50 %	50 %	0 %	0 %	170287818
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252	NC_010483	TGT	2	6	11973	11978	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	170287819
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257	NC_010483	AGC	2	6	12282	12287	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	170287819
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267	NC_010483	GAAA	2	8	12570	12577	75 %	0 %	25 %	0 %	170287819
268	NC_010483	T	6	6	12599	12604	0 %	100 %	0 %	0 %	170287819
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